Von 1937 bis 1960 erschien von Pernkopf herausgegeben die Topographische Anatomie des Menschen, Atlas der regionär-stratigraphischen Präparation. Der Atlas setzte neue Maßstäbe in der grafischen Gestaltung anatomischer Lehrmaterialien. Bereits kurz nach dem Ende der Zeit des Nationalsozialismus wurden Stimmen laut, die vermuteten, dass für die von den aktiven Nationalsozialisten Erich Lepier und Karl Endtresser angefertigten anatomischen Zeichnungen des Atlas zum Teil die Leichen Hingerichteter verwendet worden waren.[8] Der Atlas wurde viele Jahre noch von Werner Platzer, Anatom in Innsbruck, als Herausgeber fortgeführt. Platzer war zu seiner Zeit in Wien ein Schüler von Eduard Pernkopf.[9] Die Illustrationen erschienen zuletzt 1997 im von Reinhard Putz und Reinhard Pabst in Baltimore herausgegebenen Sobotta atlas of human anatomy. 1998 veröffentlichte die Universität Wien ein Senatsprojekt zu dieser Fragestellung, das die Entstehungsgeschichte des Atlas schildert. Es lässt sich nicht nachweisen, in welchem Umfang Präparate Hingerichteter bei der Erstellung des Atlas verwendet wurden, es gilt aber als sicher, dass eine solche Verwendung stattgefunden hat.
Schätzungen gehen davon aus, dass etwa die Hälfte der dargestellten Präparate von politischen Gefangenen stammen.
Pernkopf-Anatomieatlas
1937

